​主線劇情1~8章

血色夏日過去了幾個月，店長因為沒有戰鬥閒得慌希望查明自己的身世，怎料，自己居然是洛氏企業“ONI項目”的實驗體。這時，08小隊接到了新的任務：進入廢墟，帶回埋在其中的大型源力驅動機甲——XR-87。

清除過記憶之後，店長又回到了工作崗位上。08小隊情報官桐子前來報到，並向店長介紹了新任務：捕獲/擊斃S級實驗體“尼德霍格”。

封鎖區作戰過去了3個月後，洛氏和聯盟軍的聯合作戰被正式命名為“地獄蒼穹”，旨在清除散落在東亞地區的三塊SOLOMON，守護人類的安全。

隨著小隊不斷深入敵方堡壘，更多的謎題也浮現了出來。迫近的魔神、缸中之腦、代號“TORPEDO（魚雷）”的敵方指揮官、名為“送信人”的白影……前方究竟是什麼在等待著小隊的大家？

在與獲得新軀體的水姬素子交戰後，店長不禁心生疑惑。“一個鑑定人是獨立個體的標準，是什麼？”這個疑問，在素子的幫助下，店長原來確定08小隊不斷向著矽堡領“送信人”的所在處。

地獄蒼穹第二階段結束後，由於聯盟軍方面認為戰損過大，終止了和洛氏這次“同床異夢”的聯合作戰。在這空檔期，店長帶著08小隊接受了朱諾的委託，決定前往JUDAS的秘密工坊，尋找執行任務過後便杳無音訊的凱瑟琳的踪跡。

聯盟軍方面，浮士德取得的研究成果成功打動了高層，為了取得SOLOMON裡的母核做進一步研究，地獄蒼穹作戰重新開啟。洛氏和聯盟軍，兩方為了各自的利益，再一次走到了一起。聯盟軍的思博格、戰場處理者、神恩四劍……一場混戰即將來臨。

為了搶在聯盟軍前拿到荷稻母核，08小不斷向SOLOMON中心推進。，有擅長暗殺的————，有困住敵人的方戰將——弗內魔烏斯。在這支強者中源力精神中的才能，漫無邊際對黑暗帶來什麼強大的干擾……